Kokoro Connect trata de 3 chicas y 2 chicos que son miembros de un club que estudia la cultura en la sociedad. Taichi Yaegashi es un chaval friki en general, Iori Nagase es una belleza silenciosa, Himeko Inaba es la popular del grupo, Yoshifumi Aoki es el payaso del grupo y Yui Kiriyama tiene la cabeza algo llena de pájaros. Llevan una vida normal, hasta que las personalidades de cada uno comienzan a saltar de cuerpo a cuerpo, y lo peor es que lo hace bastante a menudo. Amores cruzados, sentimientos que se van revelando según se van intercambiando sus personalidades y comedia a raudales es lo que nos propone esta historia.